病状性を含む器質性精神障害（高次脳機能障害を含む。）とは、先天異常、頭部外傷、変性疾患（アルツハイマー病など）、新生物、中枢神経等の器質障害を原因として生じる精神障害に、膠原病や内分泌疾患を含む全身疾患による中枢神経障害等を原因として生じる症状性の精神障害を含むものである。

高次脳機能障害とは、脳損傷に起因する認知障害全般を指し、日常生活又は社会 生活に制約があるものが認定の対象となる。その障害の主な症状としては、失語、失行、失認のほか記憶障害、注意障害、遂行機能障害、社会的行動障害などがある。なお、障害の状態は、代償機能やリハビリテーションにより好転も見られること から療養及び症状の経過を十分考慮する。また、失語の障害については、「言語機能の障害」の認定要領により認定する。

アルコール、薬物等の精神作用物質の使用による精神及び行動の障害（以下「精神作用物質使用による精神障害」という。）についてもこの項に含める。

症状性を含む器質性精神障害とその他認定の対象となる精神疾患が併存しているときは、併合（加重）認定の取扱いは行わず、諸症状を総合的に判断して 認定する。

症状性を含む器質性精神障害であって、もう想、幻覚等のあるものについては、統合失調症、統合失調症型障害及び妄想性障害並びに気分（感情）障害に準じて取り扱う。

 脳の器質障害については、精神障害と神経障害を区分して考えることは、その多岐にわたる臨床症状から不能であり、原則としてそれらの諸症状を総合して、全体像から総合的に判断して認定する。

アルコール、薬物等の精神作用物質の使用により生じる精神障害について認定するものであって、精神病性障害を示さない急性中毒及び明らかな身体依存の見られないものは、認定の対象とならない。

精神作用物質使用による精神障害は、その原因に留意し、発病時からの療養及び症状の経過を十分考慮する。

器質障害としての巣症状については、「神経系統の障害」の認定要領により認定するものとし、その諸症状、認定時の具体的な日常生活状況等を把握して、全体像から総合的に認定する。

日常生活能力等の判定に当たっては、身体的機能及び精神的機能を考慮の上、社会的な適応性の程度によって判断するよう努める。また、現に仕事に従事している者については、労働に従事していることをもって、直ちに日常生活能力が向上したものと捉えず、その療養状況を考慮するとともに、仕事の種類、内容、就労状況、仕事場で受けている援助の内容、他の従業員との意思疎通の状況等を十分確認したうえで日常生活能力を判断すること。